Potenciál pokročilých genomických metod pro analýzu komplexního karyotypu: příklad využití u chronické lymfocytární leukémie
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2024 |
| Druh | Konferenční abstrakty |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Přiložené soubory | |
| Popis | Chronická lymfocytární leukémie (CLL) je nejčastějším typem leukémie dospělých v Západním světě. Je pro ni typický variabilní klinický průběh. U pacientů s nepříznivou prognózou se rekurentně vyskytuje komplexní karyotyp (CK), který je charakterizován přítomností ?3 chromozomových změn, zahrnujících numerické a strukturní varianty (SV). Předpokládáme, že přesná charakterizace komplexních SV může přispět k pochopení molekulárních mechanismů vedoucích k progresi onemocnění a výběru vhodné terapie. K detekci chromozomových změn jsou u CLL využívané především G-pruhování, FISH a mFISH, které neposkytují informaci o sekvenci DNA či interakcích chromatinu a mají omezenou rozlišovací schopnost. Moderní technologie, jako jsou sekvenování s krátkým (Illumina) a dlouhým čtením (např. Oxford Nanopore Technologies; ONT), analýza konformace chromatinu (Hi-C) a optické mapování genomu (OGM; Bionano Genomics), poskytují komplexnější pohled na celý genom ve vysokém rozlišení. U 10 CLL pacientů s CK jsme provedli porovnání dat z uvedených rutinních i pokročilých metod. Pro identifikaci SV z ONT dat byl použit průnik nástrojů SVIM, Sniffles a Delly, u dat z Illuminy nástroje Delly a Manta. Pro analýzu SV detekovaných OGM byl použit postup Rare Variant Analysis a pro detekci aberací metodou Hi-C byly aplikovány nástroje EagleC a NeoLoopFinder. Názorné porovnání výsledků bude prezentováno na vybraném vzorku. Budou představeny možnosti výstupů a zhodnoceny výhody a nedostatky jednotlivých metod. Na základě našich výsledků věříme, že pokročilá analýza genomu je v kombinaci s tradičními přístupy velkým příslibem pro řešení komplexních chromozomových přestaveb nejen u CLL. |
| Související projekty: |