VYUŽITÍ POKROČILÝCH GENOMICKÝCH METOD PRO ANALÝZU KOMPLEXNÍHO KARYOTYPU U CHRONICKÉ LYMFOCYTÁRNÍ LEUKEMIE
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2024 |
| Druh | Konferenční abstrakty |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Přiložené soubory | |
| Popis | Komplexní karyotyp (CK) patří mezi negativní prognostické markery u chronické lymfocytární leukemie (CLL). Moderní vysokokapacitní technologie, jako jsou sekvenování s dlouhým čtením (LRS), analýza konformace chromatinu (Hi-C) a optické mapování genomu (OGM), nabízejí detailní analýzu genomu ve vysokém rozlišení. Mohou přispět k lepší charakterizaci CK a porozumění molekulárních mechanizmů vedoucích k progresi onemocnění a léčebné odpovědi/ rezistenci. Naším cílem bylo zhodnotit analytický potenciál těchto metod při vyšetřování CK. CK byl stanoven pomocí karyotypovacích metod a mFISH. Vysokomolekulární DNA byla sekvenována na platformě PromethION (Oxford Nanopore Technologies); data byla analyzována nástroji SVIM a Delly. Pro analýzu strukturních variant (SV) detekovaných OGM (Bionano Genomics) byl použit postup Rare Variant Analysis a pro detekci aberací metodou Hi-C byly aplikovány EagleC a NeoLoopFinder. Rutinní diagnostické metody jsme porovnali s vysokokapacitními technikami u 10 CLL pacientů s CK. Analýza počtu kopií DNA přinesla analogické výsledky u všech zmíněných metod. Pro detekci delecí a duplikací ? 20 kb byly nejspolehlivější LRS a OGM. mFISH, OGM a Hi-C efektivně detekovaly reciproké translokace a jednoduché derivované chromozomy. Naopak LRS podpořené mFISH umožnilo detekci dicentrických chromozomů a derivovaných chromozomů zahrnujících ? 3 chromozomy. LRS a OGM opakovaně prokazovaly vyšší komplexitu aberací, než identifikovaly cytogenetické metody. Naše výsledky ukazují, že největší potenciál v řešení CK má kombinace pokročilé analýzy genomu se standardními metodami. Každá z metod přináší specifické výhody i nevýhody. Navíc nové technologie přispívají k lepšímu porozumění dopadů SV na fenotyp CLL. |
| Související projekty: |