STUDIUM ORGANIZACE CHROMATINU U CHRONICKÉ LYMFOCYTÁRNÍ LEUKEMIE
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2024 |
| Druh | Konferenční abstrakty |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Přiložené soubory | |
| Popis | Prostorová organizace chromatinu je důležitá pro základní buněčné procesy. Její hierarchickou strukturu tvoří kompartmenty, topologicky asociované domény a smyčky. Narušení organizace chromatinu může vést k deregulaci buněčných pochodů a podporovat nádorové bujení. Naším cílem bylo popsat dopady reorganizace chromatinu u chronické lymfocytární leukemie (CLL). Zaměřili jsme se na pacienty s komplexním karyotypem (CK), který je u CLL asociován s nepříznivým průběhem. Deset primárních vzorků CLL s CK jsme zpracovali metodou Micro-C pro analýzu konformace chromatinu. Pomocí bioinformatických nástrojů jsme vyhodnotili interakce DNA a popsali změny v počtu kopií (CNV) a strukturní varianty (SV). Získané výsledky jsme zhodnotili ve vztahu k výsledkům rutinních i výzkumných cytogenomických a sekvenačních metod. Dále jsme detekovali vznik nových chromatinových struktur, které jsme u vybraných vzorků korelovali se změnami genové exprese stanovené RNA sekvenováním. Ve všech vzorcích jsme popsali specifické strukturní přestavby a jejich dopad na přeuspořádání chromatinu. V porovnání s ostatními metodami se Micro-C jeví jako spolehlivé pro detekci aberací ? 50 kb a především translokací. CNV profily získané různými metodami byly analogické. Dále jsme popsali vznik nových domén a smyček v důsledku SV u všech vzorků, které často korelovaly se změnou genové exprese. Nádorový genom podléhá rozsáhlé reorganizaci následkem chromozomových přestaveb a změnám v interakcích chromatinu. Náš výzkum poukazuje na význam studia konformace chromatinu, které poskytuje poznatky o fungování a expresi nádorového genomu a může objasnit příčiny biologických a klinických projevů nemoci. |
| Související projekty: |