Klasifikátor vazebných kapes v proteinech založený na strojovém učení

Varování

Publikace nespadá pod Fakultu sociálních studií, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Autoři	HADDADI Faraneh VÁVRA Ondřej BEDNÁŘ David MAZURENKO Stanislav DAMBORSKÝ Jiří
Rok publikování	2024
Druh	Software
Fakulta / Pracoviště MU	Přírodovědecká fakulta
www	https://loschmidt.chemi.muni.cz/peg/
Popis	Některé strukturní prvky proteinů hrají rozhodující roli při navázání a uvolnění ligandů, např. povrchové vazebné rozhraní, tunel s jedním otvorem, který spojuje aktivní místo s vnějším prostředím, nebo oboustranně otevřený kanál. Pro výpočet tunelů a kanálů existuje několik metod, které však vyžadují vlastní nastavení, aby poskytly kvalitní výsledky. Zejména rozlišení mezi povrchovými a zanořenými vazebnými kapsami je pro výpočet tunelu kritické, ale zatím není dořešené. Cílem tohoto klasifikátoru je vyřešit tento problém pomocí funkcí FPOCKET a ručně označeného souboru dat 200 kapes klasifikovaných jako povrchové, hraniční a zanořené. Klasifikátor se skládá z malé umělé neuronové sítě a dosahuje přesnosti 54 % a skóre F1 50 %.
Související projekty:	CZECRIN - Czech National Node to the European Clinical Research Infrastructure Network