Klasifikátor vazebných kapes v proteinech založený na strojovém učení
Autoři | |
---|---|
Rok publikování | 2024 |
Druh | Software |
Fakulta / Pracoviště MU | |
www | https://loschmidt.chemi.muni.cz/peg/ |
Popis | Některé strukturní prvky proteinů hrají rozhodující roli při navázání a uvolnění ligandů, např. povrchové vazebné rozhraní, tunel s jedním otvorem, který spojuje aktivní místo s vnějším prostředím, nebo oboustranně otevřený kanál. Pro výpočet tunelů a kanálů existuje několik metod, které však vyžadují vlastní nastavení, aby poskytly kvalitní výsledky. Zejména rozlišení mezi povrchovými a zanořenými vazebnými kapsami je pro výpočet tunelu kritické, ale zatím není dořešené. Cílem tohoto klasifikátoru je vyřešit tento problém pomocí funkcí FPOCKET a ručně označeného souboru dat 200 kapes klasifikovaných jako povrchové, hraniční a zanořené. Klasifikátor se skládá z malé umělé neuronové sítě a dosahuje přesnosti 54 % a skóre F1 50 %. |
Související projekty: |