Variační nástroj založený na autoenkodéru pro návrh ancestrálních proteinů

Varování

Publikace nespadá pod Fakultu sociálních studií, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.

Autoři	KOHOUT Pavel DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David
Rok publikování	2024
Druh	Software
Fakulta / Pracoviště MU	Přírodovědecká fakulta
www	Skripty v jazyce Python a datové sady jsou k dispozici na GitHubu
Popis	Abychom zefektivnili hledání proteinových sekvencí s požadovanými vlastnostmi, využíváme informace z proteinových rodin prostřednictvím vícenásobného zarovnání sekvencí k identifikaci konzervovaných oblastí a oblastí variability aminokyselin. Nově zavádíme variační autoenkodéry, které mohou zachytit plnou variabilitu sekvencí v zarovnáních vícenásobných sekvencí pomocí nelineárního modelování strojového učení. Vyvinuli jsme nástroj, který se učí reprezentaci proteinů a může vědcům pomoci při tvorbě vylepšených proteinových mutantů i při fylogenetické rekonstrukci proteinů. Případová studie je k dispozici zde: https://doi.org/10.26434/chemrxiv-2023-jcds7-v2
Související projekty:	Personalizovaná medicína: Translačním výzkumem k biomedicínským aplikacím